在制作番茄剥皮鱼时，可能会遇到以下问题：

选材问题：剥皮鱼的新鲜度直接影响到菜品的口感和味道。如果选择的剥皮鱼不够新鲜，可能会导致鱼肉腥臭、口感差。此外，番茄的品质也很重要，新鲜、成熟的番茄口感更佳，颜色更鲜艳，能为菜品增色添香。

处理剥皮鱼：剥皮鱼的处理过程需要技巧，如何去除鱼鳞、内脏和鱼骨是关键。如果处理不当，可能会导致鱼肉破损，影响菜品的美观。此外，处理过程中要注意卫生，避免污染鱼肉。

去鱼腥味：剥皮鱼本身具有一定的腥味，如何去除腥味是个技巧活。可以采用腌制、加入料酒、姜片等方法去腥。如果去腥不彻底，会影响菜品的口感。

烹饪技巧：番茄剥皮鱼的烹饪过程中，火候的掌握非常重要。火候过大，可能导致鱼肉过熟，口感变老；火候过小，鱼肉可能不熟，影响口感。此外，烹饪过程中还要注意番茄的炒制，要炒至出汁，使番茄的酸甜味充分融入菜品中。

调味问题：番茄剥皮鱼的味道主要来自于番茄的酸甜和鱼肉的鲜美。如何调和这两者的味道，使菜品味道更加和谐，是制作过程中需要考虑的问题。可以适当加入糖、盐、酱油等调料进行调味，但要注意不要过多，以免掩盖了鱼肉和番茄的原味。

菜品摆盘：番茄剥皮鱼的摆盘也有一定的讲究。要将鱼肉摆放整齐，番茄铺底，使菜品色彩丰富，增加食欲。此外，还可以加入一些绿色蔬菜如葱花、香菜等点缀，使菜品更加美观。

食材搭配：在制作番茄剥皮鱼时，可以根据个人口味添加其他食材，如蘑菇、豆腐等。但要注意食材的搭配，避免影响菜品的整体口感和味道。

总之，在制作番茄剥皮鱼时，要注意选材、处理剥皮鱼、去腥味、烹饪技巧、调味、摆盘和食材搭配等方面的问题，才能制作出色香味俱佳的番茄剥皮鱼。